Para o professor da FGV (Fundação Getulio Vargas) e presidente da Federação dos Professores de São Paulo, Celso Napolitano, a crise econômica e o desemprego justificam os atrasos, mas as características do programa também contribuem consideravelmente. Para ampliar o acesso, em 2010, os juros do financiamento foram reduzidos, as facilidades com fiador aumentaram e o perfil de beneficiados admitidos se multiplicaram. O financiamento deveria ser capaz de se retroalimentar, ou seja, os pagamentos deveriam ser utilizados para financiar novos alunos. Isso que dizer que, quanto mais atrasos, menos estudantes serão beneficiados nos anos seguintes. Uma auditoria realizada pelo TCU na instituição, com dados de 2015, aponta que a elaboração do programa falhou por não ter realizado estudos sobre inadimplência. Na época, a auditoria apontou que havia R$ 625 milhões em prestações atrasadas. O Ministério da Educação (MEC) não revelou o montante atualizado. Os dados também colocam em cheque a possibilidade do governo conseguir recuperar o investimento de R$ 55,5 bilhões de 2010 até o ano passado. Vale pontuar que parte do financiamento é subsidiada pelo governo. O MEC informou que vai apresentar uma readequação do Fies em 60 dias.